1........10........20........30........40........50........60........70........80........90.......100.......110.......120.......130.......140.......150.......160.......170.......180.......190.......200.......210.
Methanospirillum -----U---CAA---UA----G--CGGCCACAG-CAGGU--G-UG-UC-ACACCCGUUCCCAUUCCGAACAC-GGAAGUUAAGACACCUCACGUG--GAUGAC-----G-GUACU-G------A-----G---G----UA----CGCGAGUCCUCGGGA----AAUCAUC----CUCGCUG------C-U--A---UU---GUU--------
Haloarcula ---------UU----AG----G--CGGCCACAG-CGGUG--G-GG-UUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCCCACCAGCGUU--CCGGGG-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----CGCGAGCCUCUGGGA----AACGCGG----UUCGCCG------C-C--A---CC--------------
Halobacterium ---------UUA---AG----G--CGGCCAUAG-CGGUG--G-GG-UU-ACUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUU--CCGGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG------CGAGCCUCUGGGA----AAUCCGG----UUCGCCG------C-C-UA---CU--------------
Haloferax ---------UUA---AG----G--CGGCCAGAG-CGGUG--A-GG-UU-CCACCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCACCUGCGUU--CUGGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----AGCGAUCCUCUGGGA----AAUCCAG----UUCGCCG------C-C--C---CU--------------
Halorubrum ---------GUA----G----G--CGGCCAAAG-CGGCA--G-GG-AA-AGACCCGUACCCAUUCCGAACAC-GGAAGUGAAGCCUGCCAGCGUA--CCAGCU-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----GGAGACCCUCUGGGA----GCGCUGG----UUCGCCG------C-C-------UA-------CU--C-
Natrinema ---------UUA---CG----G--CGGCCACAG-CGGCG--A-GG-UA-CCUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCUCGCCUGCGUU--UCGGUC-----A-GUACU-G------G-----A---G----UG----GGCGACCCUCUGGGA----ACCCCGA----UUCGCCG------C-C--A---CCA-------CU--C-
Methanolobus -----G---G-----UG----G--CGGCCAUAG-CGGCG--G-GG-CA-AUUCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUU--CUAUAC-----U-GUACU-A------A-----A---G----UA----UGAGAGUCUUUGGGA----AAUAUGG----AACGCUG------C-C--A---CC---AAC--------
Methanosarcina -----GGA-GUU---UG----G--C-GCCAUAG-CGGCA--G-UG-UA-ACUCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGCGUU--CCUUAC-----U-GUACU-G------A-----A---G----UG----UGCGAGCCUUCGGGA----ACUCUGG----AUCGCUG------C-C--AUACUC---ACC--------
Methanosarcina.v -----G---AUC---UG----G--CAGCCAUAG-CGGCA--GGUG-UA-A-UCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGCGUU--CCUUGC----CU-GUACU-G------A-----A---G----UG----UGCGAGC-UUCGGGA----ACUCUGG----AUCG-UG------C-C--AUA-UC---AGU--------
Nanoarchaeum -----G---UUU---CGUGGGA--GGGCCAUAG-CGGCCC-G-GG-AA-CCACCCGUACCCAUCUCGAACAC-GGAAGUUAAGCCGGGCCGCGUC--CCGAGU-----G-GUACU-G------C------C--------C----CGCGAAGGGGUGGGA----AGCUCGG----GAUGC----------C-------------C--------
Thermoplasma -----G---GCA---------A--CGGUCAUAG-CAGCA--G-GG-AA-ACACCAGAUCCCAUUCCGAACUC-GACGGUUAAGCCUG-CUGCGUA--UUGCGU-----U-GUACU-G------U-----A---U----GC----CGCGAGGGUACGGGA----AGCGCAA----UAUGCUG------U-U--A---CC---ACU--------
Methanococcus U----G---ACA---UA----A--CGGUCAAAG-CGGAG--G-UG-UA-ACAUCCGAUCCCAUCCCGAUCUC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGCGAU--UCUUUA-----A-GUACU-G------C-----U---A----UC----U-------AGUGGGA----ACAAAGU----GACGCCG------U-U--A---GU---CAC--------
Methanothermococcus U----G---AUA---UA----A--CGGUCAUAG-CGGAG--G-AG-CC-ACAUCCGAUCCCGUCCCGAUCUC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGCGAU--ACCCUA-----A-GUACU-G------C-----C---A----UU----U-------GGUGGGA----ACAGGGU----GACGCUG------U-U--G---AU---CAC--------
Methanothermobacter -----G---U-----UG----G--CGGUCAUGG-CGUGG--G-GU-UU-AUACCUGAUCUCGUUUCGAUCUC-AGUAGUUAAGUCCUGCUGCGUU--GUGGGU-----GUGUACU-G------C-----G---GUUU-UU----UGC-----UGUGGGA----AGCCCAC----UUCACUG------C-C--A---GA---CAA--------
Methanothermus -----G---GUA---CG----G--CGACCAUAG-CGGGG--G-GG-CC-ACACCUGAACCCGUUCCGAUCUC-AGAAGUUAAGCCCCCCUGCGUU--GGAGGU-----G-GUACU-G------C-----A-ACG----UU----AGU-----UGCGGGA----AGCCUCC----AACGUCG------C-C--G---GC---CCA--------
Pyrococcus -----G---GUA---CG----G--CGGUCAUAG-CGGGG--G-GG-CC-ACACCCGGUCUCAUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAU--CCCGGC-----U-GUACU-G------C-----C---C----UC----CGAGAGGGGGCGGGA----ACC-GGG----GACGCCG------C-C--G---GC---CA---------
Thermococcus -----G---GUA---CG----G--CGGUCAUAG-CGGCG--G-GG-UC-ACACCCGGUCUCGUUUCGACCCC-GGAAGUUAAGCCCGCCAGCGAU--CCCGGU-----U-GUACU-G------C-----C---C----UC----CGGGAGGGGGCGGGA----ACC-GGG----GACGCCG------C-C--G---GC---CA--C------
Streptomyces -----G---UUU---CG----G--UGGUCAUAG-CGUUA--G-GG-AA-ACGCCCGGUUACAUUCCGAACCC-GGAAGCUAAGCCUUACAGCGCC---------GAU-G-GUACU-GCAGGGGGGA--CC---C----UG----UGGGA----------GAGUA---------GGACGCCG------C-C--G---AA---CA---------
Agrobacterium -----C--GACC---UG----G--UGGUCAUCG-CGGGG--C-GG-CU-GCACCCGUUCCCUUUCCGAACAC-GGCCGUGAAACGCCCCAGCGCC---------AAU-G-GUACU-UCGUC--UCA--AG---A----CG----CGGGA----------GAGUA---------GGUCGCUG------C-C--A---GG---UC-U-------
Escherichia -----U---GCC---UG----G--CGGCCGUAG-CGCGG--U-GG-UC-CCACCUGACCCCAUGCCGAACUC-AGAAGUGAAACGCCGUAGCGCC---------GAU-G-GUAGU-GUG-GGGUCU--CC---C----CA----UGCGA----------GAGUA---------GGGAACUG------C-C--A---GG---CA-U-------
Thermus ---AAU---CCC---CC----G--UGCCCAUAG-CGGCG--U-GG-AA-CCACCCGUUCCCAUUCCGAACAC-GGAAGUGAAACGCGCCAGCGCC---------GAU-G-GUACU-GGGCGGGCGA--CC---G----CC----UGGGA----------GAGUA---------GGUCGGUG------C-G--G---GG---GA-U-------
Aquifex -----C---CCC---UG----G--UGGCCAUAG-CGGGG--G-GG-AA-ACACCCGGUCCCAUUCCGAACCC-GGCAGUUAAGCCCCCCAGCGCC---------GAU-G-AUACU-GUGCCGGCAG--CG---G----CA----CGGGA----------AAGUA---------GGUCGCUG------C-C--A---GG---GG---------
Thermotoga -AU--C---CCC---GG----G--UGCCGAUAC-UGGGG-CG-GG-AA-ACACCCGGUUCCAUUCCGAACCC-GGCCGUUAAGCCGCCCUGGGCC---------GAU-G-GUAGU-AUGGGGGCAG--CC---C----CA----UGCGA----------GAGUA---------GGUAGCGC------C-C--G---GG---GA-U-------
Campylobacter -----A---U--GU-CC----G--UGAUUAUAC-AGAUG--U-GG-AA-ACGCCUUGCUCCAUCCCGAACCA-AGAAGCUAAGCACAUCGUGGGU---------GAU-G-AUACU-ACGCC--UUACUGG---C----AG----GGGGA----------AAGUA---------GCUCAUUG------C-G--G----A---CU-U-------
Chlamydia -----C---U-----UG----G--UGAUAAUAG-AGAGA--G-GG-AA-ACACCUGACACCAUUCCGAACUC-AGAAGUUAAGCCUCUGAUCGCU---------GAU-G-GUACU-AUACA--CAA--GA---G----UA----UGGGA----------GAGUA---------GGUCGUCG------C-C--A---AG---CA-U-------
Bacillus -----U---U-----UG----G--UGAUGAUGG-CAGAG--A-GG-UC-ACACCCGUUCCCAUACCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCUCUAGCGCC---------GAU-G-GUAGUUG------GGA--CC---U----UGUCCCUGUGA----------GAGUA---------GGACGUCG------C-C--A---AG---C----------
Geobacillus -----C---C-----UA----G--UGGUGAUAG-CGGAG--G-GG-AA-ACACCCGUUCCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCCCUCCAGCGCC---------GAU-G-GUAGUUG------GGG--CC---A---GCGCCCCUGCAA----------GAGUA---------GGUCGCUG------C-U--A---GG---C----------
Flavobacterium -----U---A-----AG----G--UGGUUAUUG-CGGCG--G-GG-CU-CGACCUCUUCCCAUCCCGAACAG-AGUAGUUAAGCCCGCCUGCGCA---------GAU-G-GUACU-G------CAG--UU---A----UG----UGGGA----------GAGUA---------UGUCGUCG------C-C--U---UU---C----------
Spirochaeta -----C---C-----UG----G--UGAUCAUAG-CGAAG--A-GG-UC-CCACCCGUUCCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCC---------GAU-G-GUACU-G------CUA--U---------UG----CGGGA----------GAGUA---------GGUCGUCG------C-C--A---GG---C---------U
Archeoglobus -----A---UGC---CG----A--CGGUCAUAG-GACGG--G-GG-AA-ACACCCGGACUCAUUCCGAACCC-GGAAGUUAAGCCCCGUUCCGUC--CCGCAC-----A-GUACU-G------U-----G---U----UC----CGAGAGGGCACGGGA----ACUGCGG----GA-ACCG------U-C--G---GC---UU---------
Pyrobaculum -----G---CCC--CUA----ACCCGGCCAUAGGCGCCG--G-UG-AU-ACGCCCGGUCUCAUCA-GAACCC-GGAAGCUAAGGCCGGCGCCGCG--CUCGGG-----A-GUACU-G------G-----G---C----UC----CGCGAGGGCCCGGGA----AACCGGC----GU-GCUG---GGAG-GG-G---GC---UU---------
Desulfurococcus -----U---GCC---CG----ACCCGGCCAUAG-UGGCC--G-GG-CA-ACACCCGGUCUCGUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCGGCCA-CGUCAGAACGGC-----C-G---U-G------A-----G---G----UC----CGAGAGGCCUCGC------AGCCGUU-CU-GA-GCUG---GGAUCGG-G---CA---CC---------
Sulfolobus -----G---CCC---------ACCCGGUCACAG-UGAGC--G-GG-CA-ACACCCGGACUCAUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCGCUCA-CGUUAGUGGGGC-----C-G---U-G------G-----A---U----AC----CGUGAGGAUCCGC------AGCCCCA-CU-AA-GCUG---GGAU-GG-G---UU---UU---------
Gelidium -----A---CAU---U--------CGGCCAUAC-UAAGU--C-GACAU-GUACCCGAUCCCAUCCCGAACUC-GGAAGUCAAGUCGCUUCAGGC---CGGGUU-----A-GUACU-G------A-----G---G----UG----AGGGAUCACUCGGGA----AUCCCCG----GU-GCCG------A-A-------UG--------U----
Cryptosporidium -----G---CAA---U--------CGGCCAUAC-UACAU--C-GA-AU-AUACCGGAUCCCAUCA-GAACUC-CGAAGUCAAGCGGUGUAAGGU---UCGGUU-----A-GUACU-A------G-----G---G----UG----GGGGACCACCUGGGA----AGACCAGA---AU-GUCG------A-U-------CGCC------UC---
Nosema -----G----AU---A--------CGGUUAUAU-UUACU--G-AA-AA-CCACCGGAACCCAUCA-GAACUC-CGAAGUUAAACCAGUAUGAGC---UUAAUU-----A-GUACU-A------A-----G---A----AG----GGAGACCACUUGGGA----ACGUUGG----GU-G---GUA----------------------------
Zea -----G---GAU---G--------CGAUCAUAC-CAGCA--C-UA-AA-GCACCGGAUCCCAUCA-GAACUC-CGAAGUUAAGCGUGCUUGGGC---GAGAGU-----A-GUACU-A------G-----G---A----UG----GGUGACCUCCUGGGA----AGUCCUC----GU-GUUG------C-A-------UUCC-----------
Euglena -----G---AGU---A--------CGGCCAUAC-UACCG--G-GA-AU-ACACCUGAACCCGUUC-GAUUUC-AGAAGUUAAGCCGGGUUAGGC---CCAGUU-----A-GUACU-G------A-----G--------UG----GGCGACCACUUGGGA----ACACUGG----GU-GCUG------U-A-------CGCU------U----
Dictyostelium -----G---UAU---A--------CGGCCAUAC-UAGGU--U-GG-AA-ACACAUCAUCCCGUUC-GAUCUG-AUAAGUAAAUCGACCUCAGGC---CUUCCA-----A-GUACU-C------U-----G---G----UU----GGAGACAACAGGGGA----ACAUAGG----GU-GCUG------U-A-------UAC-------U----
Physarum -----G---GAU---G--------CGGCCAUAC-UAAGG--A-GA-AA-GCACCUCAUCCCGUCC-GAUCUG-AGAAGUUAAGCUCCUUCAGGC---GUGGUU-----A-GUACU-G------G-----G---G----UG----GGGGACCACCUGGGA----AUCCCAC----GU-GCUG------C-A-------UUCU------U----
Amoebidium -----G---GUU---A--------CGGCCAUAC-CUAGC--A-GA-AA-GCACCCCAUCUCGUCC-GAUCUG-GGAAGUUAAACUGCUAUGGGC---GUGGUU-----A-GUACU-G------C-----G---G----UG----GGGGACCACGCGGGA----AUACCAC----GU-GCUG------U-A-------AUC-------U----
Candida -----G---GUU---G--------CGGCCAUAU-CUAGC--A-GA-AA-GCACCGUUCCCCGUUC-GAUCAACCGUAGUUAAGCUGCUAAGAGC---AAUACCG----A-GUAGU-G------U-----A---G----UG----GGAGACCAUACGCGA----AACUAUU----GU-GCUG------C-A-------AUC-------U----
Saccharomyces -----G---GUU---G--------CGGCCAUAU-CUACC--A-GA-AA-GCACCGUUCUCCGUCC-GAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGC---CUGACCG----A-GUAGU-G------U-----A---G----UG----GGUGACCAUACGCGA----AACUCAG----GU-GCUG------C-A-------AUC-------U----
Caenorhabditis -----G---CUU---A--------CGACCAUAU-CACGU--U-GA-AU-GCACGCCAUCCCGUCC-GAUCUG-GCAAGUUAAGCAACGUUGAGU---CCAGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UC----GGAGACGGCCUGGGA----AUCCUGG----AU-GUUG------U-A-------AGCU-----------
Drosophila -----G---CCA---A--------CGACCAUAC-CACGC--U-GA-AU-ACAUCGGUUCUCGUCC-GAUCAC-CGAAAUUAAGCAGCGUCGGGC---GCGGUU-----A-GUACU-U------A-----G---A----UG----GGGGACCGCUUGGGA----ACACCGC----GU-GUUG------U-U-------GGCC------U----
Xenopus -----G---CCU---A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AA-GUGCCCGAUAUCGUCU-GAUCUC-GGAAGCCAAGCAGGGUCGGGC---CUGGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UG----GGAGACCGCCUGGGA----AUACCAG----GU-GUCG------U-A-------GGCU------U----
Cryptobranchus -----G---CCU---A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AU-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAACUC-AGAAGCUAAGCAGGCUUGGGC---CUGGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UG----GGAGACUGCCUGGGA----AUACCAG----GU-GCUG------U-A-------GGCU------U-U--
Homo -----G---UCU---A--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AC-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAUCUC-GGAAGCUAAGCAGGGUCGGGC---CUGGUU-----A-GUACU-U------G-----G---A----UG----GGAGACCGCCUGGGA----AUACCGG----GU-GCUG------U-A-------GGCU------U-U--